هیپوتالاموس و هیپوفیز مجموعاً «غدد درونریز ارشد» را بوجود آورده و سیستم مکمل و برونده تمام سلسله اعصاب مرکزى شناخته می‌شوند. هیپوتالاموس علاوه بر نقش خود در تنظیم آندوکرینى، غالباً جزئى از سیستم لیمبیک نیز شمرده شده و در تنظیم اشتها و میل جنسى نیز دخیل است. هیپوتالاموس به نظر می‌رسد نقش عمده‌اى در تنظیم ریتم‌هاى بیولوژیک و تنظیم سیستم ایمنى دارد. در ارتباط با روان‌پزشکى، مهمترین راه‌هاى عصبى عبارتند از فورینکس، خط انتهائى و راه آمیگدالوفوگال بطنى، که آمیگدال را به هیپوتالاموس ربط می‌دهد. راه دوپامین مزولیمبیک، همچنین راه‌هاى صعودى نورآدرنرژیک، سروتونرژیک و کولینرژیک ساقه مغز در هیپوتالاموس ختم می‌شود. اعمال هیپوتالاموس مشتمل است بر تنظیم فعالیت جنسى، تنظیم آب بدن، متابولیسم چربى و کاربوهیدرات‌ها و تنظیم حرارت بدن.